Apmokestinamasis pelnas, kurį privalo deklaruoti ir apmokestinti pelno nesiekiančios organizacijos, apskaičiuojamas iš visų ūkinės komercinės veiklos (įskaitant pajamas, uždirbtas iš viešuosius interesus tenkinančios veiklos) atėmus neapmokestinamąsias pajamas, atskaičius leidžiamus atskaitymus ir ribojamų dydžių leidžiamus atskaitymus.
Be to, pagal Pelno mokesčio įstatymo 5 straipsnio 4 dalį, pelno nesiekiančių organizacijų ūkinės komercinės veiklos pajamoms nepriskiriamos pajamos, kurios tiesiogiai skiriamos tenkinant viešuosius interesus vykdomai veiklai finansuoti. Taigi, tokios organizacijos turi teisę pelną ar jo dalį panaudoti (arba ketinti panaudoti kitais 5 vėlesniais vienas po kito einančiais mokestiniais laikotarpiais) organizacijos įstatuose numatytiems visuomenei naudingiems tikslams finansuoti. Nuo tokio pelno mokestis nebūtų mokamas.