VMI viršininkas 2015 m. vasario 27 d. įsakymu Nr. VA-19 pakeitė Mokestinių patikrinimų atlikimo, jų rezultatų įforminimo ir patvirtinimo taisykles, patvirtintas 2004 m. liepos 9 d. įsakymu Nr. VA-87. Šios taisyklės nustato VMI pareigūnų vykdomų mokesčių mokėtojų (mokestį išskaičiuojančių asmenų) mokestinių patikrinimų atlikimo, mokestinio patikrinimo metu surinktos informacijos, nustatytų faktų įforminimo bei patvirtinimo procedūras. Mokestinis patikrinimas – mokesčių administratoriaus atliekamas mokėtojo patikrinimas siekiant kontroliuoti, kaip mokėtojas vykdo mokesčių įstatymų reikalavimus mokesčių apskaičiavimo, deklaravimo, sumokėjimo, o įstatymų nustatytais atvejais – kitose srityse. Mokestiniai patikrinimai skirstomi į tris rūšis: kompleksinius (apima visų mokamų mokesčių patikrinimą); teminius (apima mokamo tam tikro mokesčio (mokesčių) patikrinimą); operatyvius (kurių metu tikrinamas atskirų mokėtojų pareigų apskaitos, mokesčių deklaravimo, sumokėjimo, registravimosi mokėtoju ir kitose srityse vykdymo teisingumas).
Pakeitimai yra susiję su VMI organizaciniais pokyčiais. Įtvirtinta:
– galimybė mokėtojui, nesutinkant su patikrinimo akte papildomai apskaičiuotomis mokesčių sumomis, pateikti savo rašytines pastabas ne tik mokesčių administratoriui, kuriam pavesta tvirtinti patikrinimo aktą, bet ir tam, kuris atlieka mokestinį patikrinimą;
– kai mokėtoją tikrina vietos mokesčių administratoriaus, kurio veiklos teritorijoje mokėtojas įregistruotas (turėjo būti įregistruotas), pareigūnas, sprendimą dėl patikrinimo akto tvirtinimo priima tas vietos mokesčių administratorius, kuriam pagal kompetenciją tai pavesta, atsižvelgdamas į patvirtintas teritorines veiklos zonas (pvz., kai mokėtoją patikrino Alytaus apskrities VMI, sprendimą priima Kauno apskrities VMI);
– jeigu tikrinamas akcizų deklaravimas, apskaičiavimas ir sumokėjimas pagal akcizais apmokestinamų prekių sandėlį, sprendimą priima centrinis mokesčių administratorius (anksčiau buvo įtvirtinta, kad tokį sprendimą priima vietos mokesčių administratorius, kurio teritorijoje registruotas šis akcizais apmokestinamų prekių sandėlis).
Pakeitimai galioja nuo 2015-02-28.