2016 m. rugsėjo 26 d. VMI paskelbė atnaujintą Pelno mokesčio įstatymo komentarą, kuriuo paaiškinama teisė pritaikyti lengvatą ir neapmokestinti tam tikrų pajamų pelno mokesčiu. Komentuojama nuostata – Pelno mokesčio įstatymo 12 straipsnio „Neapmokestinamosios pajamos“ 9 punktas:
Mokesčiu neapmokestinamos šios Lietuvos vieneto bei užsienio vieneto per nuolatines buveines uždirbtos ir (arba) gautos pajamos:
9) iš neribotos civilinės atsakomybės juridinių asmenų pelno mokesčio mokėtojų, kurių pajamos apmokestintos pelno mokesčiu pagal šį Įstatymą arba analogišku mokesčiu pagal užsienio valstybių atitinkamus teisės aktus, gautas pelnas ar jo dalis, išskyrus šio Įstatymo 39 straipsnyje nustatytus atvejus.
Pateiktoje nuostatoje numatyta išimtis, kuomet gautos pajamos nėra apmokestinamos pelno mokesčiu. Tam, kad išimtis būtų pritaikyta, gautos pajamos turi atitikti visas šias sąlygas:
- Jos gautos iš neribotos civilinės atsakomybės juridinių asmenų (individualių įmonių, ūkinių bendrijų);
- Juridinis asmuo, iš kurio gautos lėšos, yra pelno mokesčio mokėtojas;
- Pajamos jau buvo apmokestintos pelno mokesčiu.
Atnaujintame komentare pateikiama informacija, kokiu atveju nustatyta išimtis netaikoma ir pelno mokestis nuo gautų pajamų vis dėlto turi būti apskaičiuotas ir sumokėtas. VMI informuoja, kad gautos pajamos neatitinka trečiojo nurodyto kriterijaus ir nėra laikomos apmokestintomis tuo atveju, kai apmokestinant pajamas buvo pritaikytos Pelno mokesčio įstatymo nustatytos lengvatos, dėl kurių mokestis į biudžetą nebuvo sumokėtas. Aptariama pelno mokesčio įstatymo nuostata siekiama panaikinti dvigubą tų pačių pajamų apmokestinimą, tačiau kartu vengiama ir dvigubo neapmokestinimo situacijos, t. y. reguliavimą siekiama subalansuoti taip, kad nuo tų pačių pajamų pelno mokestį reikėtų sumokėti vieną kartą.