2016 m. spalio 28 d. priimtas Muitinės departamento generalinio direktoriaus įsakymas Nr. 1B-890, kuriuo pakeistos Lietuvos Respublikos asmenų ūkinės komercinės veiklos patikrinimų, atliekamų įgyvendinant Europos Sąjungos bendrosios žemės ūkio politikos priemones, vykdymo ir įforminimo taisyklės, patvirtintos Muitinės departamento generalinio direktoriaus 2009 m. gruodžio 11 d. įsakymu Nr. 1B-688 (toliau – Taisyklės). Taisyklės pakeistos atsižvelgiant į Europos Sąjungos teisės aktus – 2013 m. gruodžio 17 d. Europos Parlamento ir Tarybos reglamentą Nr. 1306/2013, Europos Komisijos įgyvendinimo reglamentą Nr. 908/2014. Naujieji pakeitimai įsigalioja ir privalo būti taikomi nuo 2016 m. lapkričio 4 d.
Kadangi Taisyklės keistos dėl priimtų naujų Europos Sąjungos teisės aktų, pagrindinis pakeitimas – buvusių nuorodų į Europos Sąjungos reglamentus ir direktyvas atnaujinimas.
Taip pat pakeista keletas esminių aspektų. Ankstesnėje redakcijoje buvo numatyta, kad atliekant ūkinės veiklos patikrinimą paprastai tikrinamas 12 mėnesių ūkininko veiklos laikotarpis ir tikrinama 5–15 proc. per šį laikotarpį vykdytų sandorių. Naujasis pakeitimas nustato, kad tikrintojas gali atrinkti ir ankstesnio laikotarpio sandorius, jeigu tai susiję su tikrintojo nustatytu vidutiniu ar aukštu rizikos lygiu. Dar vienas pakeitimas įtvirtina pareigą tikrinimą vykdžiusiam asmeniui patikrinimo ataskaitoje nurodyti išvadas dėl tikrinamo asmens bendro rizikos lygmens ir rekomendacijas. Anksčiau tokio reikalavimo nebuvo.