2016 m. spalio 10 d. VMI viršininkas priėmė įsakymą Nr. VA-125, kuriuo pakeitė Žemės mokesčio administravimo taisykles, patvirtintas VMI viršininko 2006 m. birželio 9 d. įsakymu Nr. VA-55 (toliau – Taisyklės). Pati VMI nurodo, kad Taisyklės pakeistos atsižvelgiant į Žemės mokesčio įstatymo pakeitimą, kuriuo pripažintoms religinėms bendruomenėms suteikta teisė nemokėti žemės mokesčio (nors toks įstatymo pakeitimas įsigaliojo dar 2016 m. sausio 1 d.). Taisyklių pakeitimai įsigaliojo 2016 m. spalio 12 d. ir turi būti taikomi apskaičiuojant 2016 ir vėlesnių metų žemės mokestį. VMI išskiria tokius pagrindinius pakeitimus:
- Taisyklės papildytos nuostatomis dėl lengvatos taikymo tradicinių ir kitų valstybės pripažintų religinių bendruomenių, bendrijų ir centrų nuosavybės teise priklausančiai žemei. Nuo šiol žemės mokesčio neturės mokėti tradicinės ir atskiru Seimo nutarimu pripažintos religinės bendrijos (lotynų apeigų katalikų, graikų apeigų katalikų, evangelikų liuteronų, evangelikų reformatų, ortodoksų (stačiatikių), sentikių, judėjų, musulmonų sunitų, karaimų, Lietuvos evangelikų baptistų bendruomenių sąjunga ir Septintosios dienos adventistų bažnyčia). Iki šiol buvo neapmokestinama tik katalikų bendruomenėms priklausiusi žemė.
- Taisyklių 59.3.3 papunktis papildytas nuostata dėl savivaldybės tarybos savo biudžeto sąskaita nustatytų lengvatų taikymo, kai žemės sklype yra nenaudojamos (apleistos) žemės.
- Taisyklių 71.8.1 ir 71.8.3 papunkčiuose patikslintas Nacionalinės žemės tarnybos prie Žemės ūkio ministerijos darbuotojo telefono numeris, kuriuo gali kreiptis žemės savininkai, kai jiems iškyla klausimų dėl valstybės įmonės Registrų centro pateiktų duomenų apie apleistas žemės ūkio naudmenas.
- Taisyklėse taip pat atlikti redakcinio pobūdžio patikslinimai (visuose Taisyklių punktuose panaikintos buvusios nuorodos į „Valstybės žinias“, atitinkamuose Taisyklių punktuose ir papunkčiuose patikslintas žodis „punktas“ ir įrašytas žodis „papunktis“).
- Žemės mokesčio apskaičiavimo deklaracija (KIT703 forma) ir jos priedas išdėstyti nauja redakcija:
5.1. KIT703 formoje atlikti tik redakcinio pobūdžio patikslinimai;
5.2. KIT703 formos priede patikslinti pateiktos lentelės stulpelių pavadinimai, kuriuose nurodytas registro pavadinimas (Nekilnojamojo turto registras), kurio pateikti duomenys įrašomi į atitinkamą stulpelį ir / ar teisės aktas, pagal kurio nuostatas užpildytas KIT703 priedo atitinkamas stulpelis. Siekiant informuoti apie žemės mokesčiui apskaičiuoti taikytų tarifų teisinį pagrindą, po KIT703 priedo lentele esantys paaiškinimai papildyti nauju paaiškinimu, pažymėtu „***“ žyma („***Savivaldybių tarybų sprendimus, kuriais patvirtinti žemės mokesčio tarifai, galite rasti adresu https://www.vmi.lt/cms/zemes-mokestis2“), t. y. šiame paaiškinime pateikiama nuoroda į svetainę, kurioje skelbiami žemės mokesčio tarifus patvirtinantys savivaldybių tarybų sprendimai.
- Nauja redakcija išdėstyta Žemės mokesčio apskaičiavimo deklaracijos duomenų tikslinimo forma (KIT716). Šios formos lentelė papildyta nauju 2 stulpeliu „Tikslinamo sklypo unikalus numeris“.